Много веков назад:

Сетра, раса наделенная магическими способностями, прибывают на планету после длительного и тяжелого путешествия. Некоторые из Сетра (нареченные позднее Древними) решают продолжить путешествие, в то время как другие, уставшие от постоянных кочеваний, решают остаться. Оставшиеся в итоге становятся людьми. Однако некоторые из настоящих Сетра все еще продолжают существовать.

2000 лет назад:

Дженова, мерзкое существо из далеких глубин космоса, совершает на планете аварийную посадку, отчего в земле появляется огромный разлом, так называемый Северный Кратер. Дженова заражает Сетра особым вирусом, превращая их в монстров. Большинство из оставшихся Сетра оказываются полностью уничтожены, и прячутся в своих новых поселениях, пытаясь избежать надвигающийся ужас. Планета создает пять Орудий для битвы с Дженовой, но они остаются не использованы так как небольшому количеству выживших Сетра успешно удается заключить Дженову в Северном Кратере, заморозив ее. Планета начинает исцелять себя, используя свою жизненную энергию (К слову - она так никогда полностью и не восстановится).

Спустя некоторое время после этих событий:

Появляется корпорация Шинра (на самом деле она называется Синра, но раз уж все привыкли к Шинре, далее по тексту мы будем называть ее именно так), которая заявляет о себе как о лидирующей энергетической компании всего мира. Она использует энергию Мако, которую добывает из недр Земли. Мако также известна под названием Лайфстрим (Поток Жизни), своеобразный каскад душ, который используется планетой и всеми живыми существами совместно для существования, как планеты, так и людей. Мако энергия высокой концентрации становится Материей, которая является дорогостоящим продуктом из-за своих магических свойств. В конце концов, Шинра разделяется на следующие департаменты: Военный; Политический; Градостроительный; Научный; Астрономический; Коммуникационный.

Сформирована спецгруппа Турки как отдельная ветвь Шинры; они занимаются не совсем приятными заданиями – похищение детей, убийства и так далее. Группой руководит человек по имени Шон, (Тсенг в английской версии), а его правой и левой руками являются Рено и Руд.

15 лет назад или около того:

Военный отряд Шинры объявляет войну Вутаю, западному поселению. В итоге, они побеждают, и старейшине Вутая, Годо, приходится с этим смириться. В конце концов, Вутай теряет свой военный статус и становится развлечением для туристов.

Мирное племя, живущее в Каньоне Космо, атаковано сильным племенем Джи. Сето, (похожнее на льва существо), защищает Каньон, используя секретный проход, и ему успешно удается сдержать нападение племени Джи, еще на подходе к городу, но в итоге он оказывается сражен ядовитыми стрелами вражеских воинов и превращается в камень. Племя Каньона, включая сына Сето, Нанаки, думает, что Сето поджал хвост и сбежал, бросив семью и весь город. Только отчим Сето, Бугенхаген, знает всю правду.

Сид Хайвинд, создатель биплана Тини Бронко, получает одобрение от Шинры начать запуск космической ракеты из его родного города. Он очень давно мечтал об этом, и теперь его возбуждение начинает расти в связи с предстоящим запуском, но тут его ассистент, Шера, находит неисправность в энергореакторе. Она отказывается уйти из скоро-собирающейся взорваться комнаты с реакторами, и Сид заставляет себя отменить запуск ракеты перед самым зажиганием реакторов. Он отказывается простить Шеру за то, что она разрушила его мечту, отчего Шера живет с ним, прислуживая, и таким образом наказывая себя.

Профессор Гаст, ведущий ученый Шинры, возглавляет команду, которая включает в себя молодого человека по имени Ходжо, женщину Лукрецию и Турка по имени Винсент. Гаст откапывает тело Дженовы в горах Нибельхайма, которая, как он думает, является Древней, и основывает свою исследовательскую лабораторию в особняке Шинры в близлежащем городке. Винсент влюбляется в Лукрецию, но видит, что она сама влюблена в Хождо, и уступает своей судьбе. Однако когда он узнает, что Ходжо собирается инъецировать в еще не рожденного ребенка Лукреции ДНК Дженовы, Винсент не может закрыть на это глаза и выступает против действий Ходжо. Ходжо смертельно ранит Винсента и проводит над ним операцию, превратив его в оборотня, способного изменяться, в состоянии ярости. Униженный, Винсент ложится в гроб в подвале особняка Шинры и впадает в глубокий сон.

У Лукреции рождается сын, которого она нарекает Сефиросом. Однако, ему не рассказывают о его настоящем происхождении, говоря, что его мать, Дженова, умерла после родов.

Доктор Гаст спасается бегством от Ходжо и оказывается в гостинице «Сосулька», где встречает настоящую представительницу расы Сетра по имени Ифална. Он записывает на пленку все свои разговоры с ней, и в итоге влюбляется в нее. У них рождается дочь, которую они называют Айрис. Однако Ходжо удается попасть в это место, и он пытается похитить Ифалну и Айрис. Доктор Гаст защищает их, но его убивают, а семью захватывают. Однако Ифалне вместе с Айрис каким-то образом удается избежать поимки Ходжо. Израненная, она успевает добраться до железнодорожной станции Сектора 7 Мидгара. Ее находит женщина по имени Эльмира, которая обещает ей заботиться об Айрис. Ифална дает Айрис Белую Материю, легендарный камень, способный вызвать Великое Святое заклинание, если возникнет такая необходимость. Однако так как вызвать сие заклинание очень тяжело, да и Айрис еще маленькая, она думает, что эта Материя вообще ничего не делает.

15-7 лет назад:

Ходжо продолжает свои эксперименты с клетками из тела Дженовы, которое он раскопал. Он проводит опыты над солдатами Шинры, инъецируя их клетками Дженовы, плюс облучая мако-энергией; в результате, у подопытного развивались способности, которые не был доступны обычным людям, и их можно было отличить по необычному блеску в глазах. Таким образом, было основано подразделение СОЛДАТ, элитное подразделение бойцов Шинры.

Сефирос поступает в ряды СОЛДАТа и быстро продвигается по служебной лестнице. За ним постоянно наблюдают, и он дает наилучшие перспективы для развития СОЛДАТа, чем кто-либо еще.

Лукреция прячется, боясь, что клетки внутри нее могут превратить ее в угрозу для всего существующего.

Айрис начинает проявлять странные способности; например, ей удается почувствовать смерть мужа Эльмиры, который был на войне Вутае, задолго до того, как Эльмира получит вести об этом. В конце концов, она становится объектом охоты для Турков, действующих под командованием Ходжо, которые много раз пытались преследовать Айрис, но ей всегда удавалось избежать преследования. Айрис устраивается на работу цветочницей в трущобах Мидгара.

Клауд Страйф и Тифа Локхарт растут вместе в городке Нибельхейм; они не близкие друзья, однако Клауду хотелось бы, чтобы это было наоборот. После смерти матери Тифы, она предпринимает поход в Горы Нибель. Клауд следует за ней, но мост, на котором они вместе стоят, ломается, и Клауда обвиняют в том, что Тифа пострадала из-за него. Позднее они встречаются у колодца и разговаривают, где Клауд рассказывает Тифе о своем желании уехать в Мидгар и вступить в ряды СОЛДАТ, а Тифа просит дать его общание, что если он сможет добиться чего-то в Мидгаре, то он должен вернутся к ней подобно "принцу на белом коне" и защищать ее.

Ходжо продолжает проводить опыты в Нибельхайме, погружая тела живых существ в сжатую энергию Мако. В итоге, люди становятся абсолютно неузнаваемыми и находятся под постоянным наблюдением в закрытых контейнерах. Устройство с неподвижной Дженовой перенесено в Мако Реактор близ Нибельхейма.

7 лет назад:

Клауд перебирается в Мидгар и вступает в ряды Шинра. Он также пытается поступить на военную службу в СОЛДАТы, но это ему не удается. Вместо этого его переводят в обычный военный отряд Шинры.

5 лет назад:

Клауда назначают в охрану Сефироса, они отправляются в Нибельхейм, чтобы исследовать Мако Реактор Нибеля, где, по слухам, появились кровожадные монстры. Сефироса сопровождает Зак, член отряда СОЛДАТ, первого класса, который несколько раз встречался с Айрис в прошлом.

Сефирос и Клауд нанимают Тифу в качестве проводника к реактору (Клауд не раскрывает себя, не снимая шлема). Сефирос находит монстров в реакторе и начинает сомневаться в своем происхождении (его смущает его неверотная сила). В Нибельхейме он находит секретную библиотеку, где обнаруживает всю правду о себе. Потрясенный этой информацией, он сходит с ума и сжигает Нибельхейм без остатка. Зак и Клауд следуют за ним к Реактору Нибель и видят, что он собирается присоединиться к своей космической матери, Дженове, в завоевании этого мира.

Тифа берет меч Сефироса – Масамунэ (который он так небрежно обронил) и пытается отомстить ему за смерть своего отца. Сефирос отнимает у нее меч и наносит ей удар, оставляя лежать ее на полу реактора. Он пробирается во внутреннюю камеру и достает голову Дженовы из ее статичного контейнера. Появляется Зак, пытаясь атаковать Сефироса, но тоже оказывается побежден и оставлен лежать, истекающий кровью. Клауд, бережно переносит Тифу в безопасное место, берет меч Зака и нападает на Сефироса. Сефиросу удается нанести своим мечом глубокую рану Клауду, но тому, в порыве чувств, каким-то образом удается схватить меч прямо за лезвие и швырнуть Сефироса в Лайфстрим, текущий под мостом.

Тело Сефироса плывет по всему Лайфстриму и, в итоге, замороженное, оказывается прибито к берегам пещеры Северного Каньона.

Тифу спасает ее инструктор по боевым искусствам, Занган. Ее родной город сгорел и она отправляется в Мидгар, где открывает бар «Седьмое Небо» в Секторе 7.

Зак и Клауд, еле живые (хотя у Зака сил все же больше, так как у него физически более развитое тело), пойманы Ходжо и увезены в подземную лабораторию особняка Шинры в качестве части его нового эксперимента – попытки создать клонов Сефироса (такие же опыты он ставил на большинстве жертв, вывезенных из руин Нибельхейма). Все предыдущие клоны были неудачны, превращаясь в итоге в бесчувственных и безжизненных кукол. Клауд не смог выдержать эти опыты из-за отсутствия силы воли. Ходжо записывает его в неудавшиеся клоны, но держит поблизости.

Когда приходит сторож, чтобы дать пищу Заку, он нападает на него, побеждая, затем спасает Клауда (который еле двигается) и вместе с ним залезает в грузовичок, направляющийся в Мидгар. После небольшого монолога, он решает, что они с Клаудом станут наемниками (эти слова отдаются эхом в голове последнего). Однако перед тем как они достигают Мидгара, их догоняют солдаты Шинра. Зак застрелен, но солдаты оставляют Клауда в живых, так как он – провалившийся эксперимент. Клауду удается подползти к телу Зака и взять его меч.

Сефирос обнаруживает, что он может управлять своими «клонами» при помощи мысли, хотя не может заставить их делать что-либо значимое из-за их состояния. Также, он обнаруживает, что может немного управлять Клаудом, но не более эффективно из-за его статуса «неудачного эксперимента».

Сознание Клауда, омытое страхом и болью, создает свою собственную версию случившегося, где Клауд занял место Зака во всех произошедших событиях, и стал членом отряда СОЛДАТ, первого класса. Ломаная психика искажает и другие воспоминания - Клауд неверно истолковывает свою дружбу с Тифой, думая будто они были лучшими друзьями (говоря психологическим языком - It "подсознание" Клауда заменяет собой его супер-эго). Каким-то образом ему удается добраться до железнодорожной станции Мидгара. Тифа находит его там и решает присмотреть за ним какое-то время.

Шинра отдает распоряжение заново отстроить Нибельхейм и заселить его исключительно работниками Шинры, чтобы наблюдать за клонами Сефироса в Нибельхейме. Им приказано отрицать любые сведения по поводу случившейся здесь катастрофы. Ходжо забирает Дженову из Нибельхейма и направляет в Штаб Шинры в Мидгаре, но без головы, которую забрал с собой Сефирос.

4 года назад:

Шинра собирается построить Мако Реактор в угледобывающем городе Корел. Это решение очень не нравится человеку по имени Дайн, но его лучший друг Баррет Уоллэс убеждает его с этим не связываться. Однако, в один прекрасный день, когда Баррет и Дайн были за городом, вернувшись, они увидели его в огне: дело рук Шинры. Людей Корела обвинили во взрыве, произошедшем в реакторе Шинры. Жена Баррета Мирна и жена Дайна Элеанор погибли в огне, но недавно родившаяся дочь Дайна, Марлин, смогла выжить. Оба друга попытались вернуться в город, но были остановлены Скарлет, лидером военного подразделения Шинры. По друзьям открывают огонь и Дайн теряет равновесие, падая, свешиваясь с края пропасти; Баррет хватает его руку, но обе руки оказываются прострелены солдатами Скарлет. Дайн падает вниз, но остается жив.

Наполненные яростью, оба – и Дайн, и Баррет – делают себе операцию, заменяя потерянные руки биомеханическими протезами. Однако психика Дайна оказывается серьезная повреждена из-за пережитого в Кореле.

Со временем на руинах Корела был построен огромный развлекательный комплекс Золотое Блюдце, а сам город в итоге стал Тюрьмой Корел, где содержались осужденные преступники. Выжившие после сожжения Корела переместились на север, где основали новый город под названием Северный Корел, но он так и оставался бедным городом из убогих палаток.

Дайн приходит в Тюрьму Корел и берет ее под свой контроль, становясь известен как Босс. Баррет, думающий, что Дайн мертв, уходит в Мидгар вместе с Марлин (которую удочеряет) и основывает группу повстанцев под названием ЛАВИНА, целью которой является остановить Шинру во что бы то ни стало.

Совсем недавно:

Юффи, дочь Годо из Вутая, покидает город в ярости, в поисках Материи. Она верит, что Материя поможет Вутаю защитить себя и восстановить свою честь.

Нанаки из Каньона Космо пойман Ходжо и использован в неизвестном эксперименте. Ходжо присваивает Нанаки, как и всем своим экспериментам номер и называет его «Ред XIII».

Наши дни:

Клауд, полностью излеченный, начинает стремиться уйти из Мидгара. Тифа, желающая приглядывать за ним, предлагает ему остаться. Она убеждает его поработать в качестве наемника на ЛАВИНУ, штаб-квартира которой находится в баре Тифы.

Их первой миссией является нападение на Реактор Сектора 1. Клауду и Баррету помогают Биггс, Уэдж и Джесси, и им удается заложить бомбу, выводя реактор из строя. На обратном пути Клауд встречает Айрис, которая предлагает ему купить цветок за 1 гил. Клауду удается сбежать на поезде Мидгара и возвратиться в бар «Седьмое небо», где они встречаются с Тифой и приемной дочерью Баррета, Марлин.

Они выполняют свою следующую миссию, в Реакторе Сектора 5. Однако в этот раз их там ждет засада в которой их посещает сам Президент Шинры, который удаляется с поля боя, оставив героям военного робота новейшего образца. Им удается вывести робота из строя, но взрыв, последовавший после его разрушения, сталкивает Клауда с моста, и он падает вниз, обрушиваясь на крышу церкви в трущобах Сектора 5, где его находит Айрис.

Как раз в это время Рено идет в церковь вместе с отрядом солдат Шинры, намереваясь поймать Айрис. Клауд, нанятый Айрис как телохранитель помогает ей бежать, и они вместе добираются до ее дома, где она представляет его Эльмире. Клауд спрашивает, как ему добраться до Сектора 7, и узнает, что единственный путь добраться туда – через Рынок у Стены разделяющей сектора. Сам же рынок находится в Секторе 6. Айрис предлагает Клауду добраться туда вместе, но и Клауд, и Эльмира тайно приходят к выводу, что он должен уйти без нее.

Дону Корнео, плейбою, чье поместье расположено на рынке, было приказано Хайдеггером (главой «Управления государственной безопасностью», эвфемизм для Турков) выяснить месторасположение Баррета. Ему удается это сделать, однако и Баррету удается узнать о Доне Корнео от его ассистента. Дон держит гарем женщин, из которого выбирает себе одну каждую ночь. Баррет соглашается с тем, чтобы Тифа проникла в его особняк и выяснила все, что он знает.

Клауд в одиночку добирается до Сектора 6, но обнаруживает, что Айрис уже ждет его там. Они проводят какое-то время на игровой площадке, расположенной неподалеку, и перед тем, как отправиться на Рынок, они видят карету с запряженным Чокобо, а на самой карете; Клауд решает узнать, что происходит. Они направляются на Стенной Базар.

Клауд и Айрис узнают о Доне Корнео. Айрис предлагает пойти одной, но Клауд отказывается пустить ее. Айрис решает переодеть Клауда в женское платье, чтобы он смог сам пробраться в особняк Дона Корнео! Они так и делают, затем находят Тифу, спасают ее из рук приспешников Корнео и загоняют его самого в угол его же комнаты. Они узнают, что Шинра планирует уничтожить опору под Сектором 7, обрушив его тем самым на трущобы под ним и уничтожив тем самым целый сектор, и все это лишь для того, чтобы добраться до ЛАВИНЫ. Тем не менее, перед тем, как добраться до опоры, они, не без помощи Корнео, попадают в систему канализации, где на них нападает домашний монстр последнего.

Они уничтожают монстра и, пробравшись сквозь канализацию, оказываются на кладбище поездов. Выбравшись с кладбища, они обнаруживают, что опора, которая поддерживает весь Сектор 7, уже находится под атакой, а Баррет и остальные члены ЛАВИНЫ вовлечены в битву. Айрис соглашается остаться и присмотреть за раненными. Она находит Марлин и отсылает ее в свой дом в Сектор 5. Однако, Айрис оказывается поймана Тсенгом. В это время Рено из Турков активирует механизм самоуничтожения опоры, отвлекая внимание Клауда и остальных пока она начинает рушиться. Клауду, Баррету и Тифе удается выбраться из всего этого, но остальные члены ЛАВИНЫ погибают во взрыве.

Баррет находит Марлин в доме Айрис, где за ней ухаживает Эльмира, и говорит оставшимся в живых уходить из Мидгара, так как здесь больше небезопасно. Они решают остановиться в городке Кальм. Но перед этим Клауд собирается спасти Айрис, к нему присоединяются Баррет и Тифа. Пробравшись в Сектор 0 через кабели на Рынке и ворвавшись в Штаб Шинры. Им помогает Мэр Домино, который устал от всей этой офисной жизни в Штабе Шинры.

На 66 этаже они подслушивают разговор о разрушении Сектора 7 и в первый раз видят Ходжо. Они следуют за ним на верхний этаж, где Клауд видит безголовую Дженову, привезенную в Штаб Шинры после событий Нибельхейма. Поблизости они обнаруживают Айрис, запертую в контейнере. Ходжо пытается скрестить Айрис и странного рыжего зверя в одной камере, для произведения потомства, но в это время по камере стреляет Баррет и выводит ее строя. Ходжо быстро открывает дверь камеры, но внезапно оказывается на полу, атакованный зверем, который оказывается Нанаки/Редом XIII.

Пятеро друзей разделяются и договариваются встретиться на 66 этаже возле лифта, но их схватывают Турки и приводят на самый верхний этаж. Президент Шинры произносит скучную речь, затем запирает в тюрьме. Однако, ночью появляется клон Сефироса и уничтожает всех, включая Президента Шины. (На самом деле это вырвавшаяся на свободу и принявшая облик Сефироса Дженова). Место погибшего президента тут же занимет его сын Руфус. Клауд сражается с Руфусом на балконе, пока остальные убегают, а Тифа ждет его. Руфусу удается скрыться на вертолете.

Клауд и Тифа присоединяются к остальным на первом этаже; они убегают, используя мотоцикл и украденный грузовик со стенда новинок Шинры в области транспорта. В итоге, они оказываются на краю Мидгара, и Клауд говорит, что они должны искать Сефироса. Они устремляются в городок Кальм, где он рассказывает им свою историю (вернее то, как он помнит ее) и клянется уничтожить Сефироса.

Забежав на ферму Чокобо и прикупив приманку, они ловят гуляющего неподалеку Чокобо и направляются через расположенное поблизости болото в Мифриловые Шахты. Там они встречаются с Тсенгом, Рудом и новым членом Турков Еленой, которая заняла место Рено, оправляющегося от полученных ран в результате взрыва опоры в Секторе 7. У Елены по глупости вырывается, что в последний раз Сефироса видели в Джуноне.

Клауд вместе с друзьями отправляется в Джунон, где спасает девочку по имени Присцилла и ее друга дельфина от морского дракона. Им рассказывают, что скоро на верхних уровнях Джунона появится Руфус. Присцилла одалживает им Мистера Дельфина, чтобы достигнуть верхних уровней. Клауд маскируется под охранника и принимает участие в маршировочном параде, подготовленном для встречи Руфуса. В это время остальные члены его команды маскируются под матросов и забираются на грузовой корабль, захватывая Клауда с собой по окончании парада.

Дженова в облике Сефироса (далее по тексту просто Дженова) тоже появляется на этом корабле, а потом их одна из частей тела Дженовы. После битвы она быстро исчезает.

В итоге, Клауд и компания оказываются в местечке под названием Коста дель Сол, курортном городке. Тут они встречают Ходжо, который здесь отдыхает и говорит им идти к Горе Корел.

Они так и делают, и оказываются в Северном Кореле, где Баррета обвиняют в пожаре, уничтожившем деревню много лет назад. Баррет приходит в ярость, угнетенный этим, и Айрис предлагает всем пойти в «Золотое Блюдце», огромный развлекательный парк, чтобы выпустить пар. Там они встречаются с игрушечным котом верхом на гигантском, игрушечном мугле, которые называют себя Кэйт Ситом; он управляется Ривом, главой градостроительства в Шинре и внедряется в команду в качестве шпиона.

В это же время здесь появляется и Дайн, который уничтожает группу людей возле Боевой Арены. Оставшийся в живых свидетель этой сцены говорит, что это совершил человек с орудием вместо руки, и Баррет оказывается обвинен в преступлении Дио, владельцем «Золотого Блюдца». Баррет и его друзья (включая Кэйт Сита) оказываются в Тюрьме Корел.

В тюрьме Баррет обнаруживает Дайна, и последний, обезумев, на него нападает. Баррет побеждает его, и Дайн спрыгивает с обрыва, покидая друга, на этот раз навсегда. Перед этим он дает Баррету свое ожерелье, которое Баррет должен передать Марлин. Единственный путь выбраться – выиграть гонки Чокобо, и Клауду вынужден учавствовать в них. Конечно, он выигрывает, и Дио, принося свои извинения, одалживает им Багги для путешествий.

На Багги они добираются до Гонгаги, южного городка. Тут они встречают Рено и Руда, которые были извещены об их приходе Кэйт Ситом. Тем не менее, Клауд и компания быстро от них избавляются. Они обходят заброшенный реактор и видят как Скарлет и Тсенг пытаются забрать оттуда материю; материя, вероятно, находится в ненормальном состоянии. Скарлет ищет Огромную Материю (крайне плотный изотоп) для изготовления нового оружия. Здесь Клауд и компания также встречают родителей Зака, но Клауд совсем его не помнит.

Багги выходит из строя, когда они пытаются проехать мимо Каньона Космо, так что им приходится остановиться там, пока механик сможет починить его. Их встречают очень тепло, когда жители городка узнают, что вместе с ними прибыл Нанаки/Ред XIII. Ред XIII представляет их своему дедушке, Бугенхагену. Бугенхаген хочет, чтобы Ред XIII отправился вместе с Клаудом уничтожить Сефироса, но сначала собирается сказать ему всю правду о его отце.

Он ведет Реда XIII и команду Клауда сквозь запечатанный проход (который наводнен призраками племени Джи) до самого его конца, где Ред XIII видит окаменевшее тело своего отца. После того, как он узнал правду, Ред XIII решает пойти вместе с Клаудом, чтобы защитить планету от Сефироса.

Клауд и компания добираются до Нибельхейма. Однако, там их никто не узнает, так как городок наполнен работниками Шинры и клонами-куклами Сефироса. Герои идут в особняк Шинры, где снова встречают Дженову\Сефироса. Он улетает, упомянув о «Воссоединении».

Клауд и компания путешествуют сквозь горы Нибель к Ракетному городку, где обнаруживают Президента Руфуса и Палмера, главы космического отдела Шинры, которые пытаются убедить Сида одолжить им биплан Тини Бронко. Сид отказывается, и он и Клауд с компанией убегают на биплане. Однако солдатам Шинры удается подстрелить его, и Тини Бронко становится годен лишь как плавательное судно.

Изготовитель оружия уединившийся в своей хижине, говорит Клауду о Храме Древних, легендарном месте, которое содержит Черную Материю. У Черной Материи есть сила, способная призвать Метеор, древнюю разрушительную магию. Однако, он также говорит им, что для того, чтобы войти в Храм, нужен Ключ-камень.

Этот ключ есть у Дио, владельца «Золотого Блюдца», и он готов расстаться с ним, если Клауд сразиться с противниками на Боевой Арене. Последний так и поступает, и Дио выполняет свое обещание. К сожалению, канатная дорога, соединяющая «Золотое Блюдце» с остальной землей, сломана, и Клауд с компанией застревают в парке развлечений. Кэйт Сит ведет их в гостиницу на Площадь Призраков, чтобы поговорить и поспать.

В середине ночи Клауда будит Айрис (или Тифа, Юффи, Баррет, в зависимости от того, как он обращался с тем или иным до нынешнего момента – будем считать, что это Айрис). Затем они вместе гуляют по ночному «Золотому Блюдцу», принимая участие в комической пьесе на Площади Происшествий, а также смотря на внешний вид Круглой Площади. Там они видят Кэйт Сита с Ключом-камнем в руках; он куда-то убегает. Они бросаются за ним в погоню до самой Площади Чокобо, где он передает Ключ-камень Тсенгу, улетающему на вертолете. Клауд угрожает Кэйт Ситу, но тот проигрывает им запись голоса Марлин, схваченной Шинрой, которая находится под его контролем.

Кэйт Сит просит Клауда разрешить ему следовать за ним к Храму Древних; несомненно, там уже побывала Шинра, однако им все еще нужно добраться туда, чтобы найти Сефироса. Клауд в итоге соглашается. Они прибывают к Храму Древних, где обнаруживают смертельно смертельно раненого Тсенга, которого ранила Дженова. Псевдо Сефирос продолжает идти вглубь Храма, и Клауд и Айрис следуют за ним. Внутри Храма Айрис обнаруживает, что голоса Древних говорят ей что-то; для начала - об абсолютной черной магии Метеор, которая хранится в Черной Материи. Их посещает Дженова и говорит, что если "он" (здесь имеется в виду Сефирос) призовет Метеор, планета высвободит огромный сгусток энергии в попытке вылечить себя; а если он будет находиться в этот момент в центре планеты, вся энергия пройдет сквозь него.

Герои находят саму Черную Материю. Она хранится в странной головоломке - миниатюрном Храме Древних, который в свою очередь содержит еще одну модель, а та – еще одну и т.д. А Черная Материя находится в самом низу. Однако если достать Материю, разобрав все модели Храма, то настоящий Храм обрушится на того, кто это сделает. Кэйт Сит вызывается добровольцем сделать это. Что и делает, разрушая Храм Древних и раскрывая на остатках руин Черную Материю.

Клауд берет Черную Материю, но Дженова, контролируя его, заставляет отдать ее себе и отправляется в Северный Кратер. Клауд, находясь в бреду, начинает атаковать Айрис, но его останавливает Кэйт Сит №2, который появляется в этот момент.

Теперь, когда черная Материя находится в руках Сефироса, Айрис решает отправиться в священное место, Забытую Столицу. В самом ее низу находится водный алтарь, где Древние могут вызвать Великое Святое заклинание, чтобы противостоять заклинанию Метеора. Во сне Клауд видит, как Айрис говорит ему, что собирается в Спящий Лес, и уходит.

Клауд следует за ней в Костяную Деревню, расположенную у входа в Спящий Лес. Он раскапывает Лунную Арфу, которая позволит им войти в Лес и Коралловую Долину, которая ведет в Забытый Город. Они дожидаются ночи, когда откроется вход к водному алтарю, и обнаруживают там молящуюся Айрис. Однако, тут, к ее удивлению, снова появляется Дженова в облике Сефироса, которая пронзает Айрис своим мечом, тут же лишая жизни. Белая Материя, которая была у Айрис, падает вниз, в океан, и начинает мерцать зеленым светом, указывая на то, что Великое Святое заклинание было вызвано. Однако, настоящий Сефирос в Северном Кратере останавливает Великое Святое заклинание своим собственным телом. Клауд «хоронит» Айрис в расположенном неподалеку озере.

Клауд дает клятву во что бы то ни стало найти и убить Сефироса и он следует за "ним" на север сквозь Снежные Поля к гостинице «Сосулька», где они находят свидетельство того, что здесь жили Доктор Гаст и Ифална. Также они встречаются с Еленой и некоторыми из офицеров Шинры, которые запрещают им выходить из деревни. Елена обвиняет Клауда в смерти Тсенга, и они сражаются. Клауд находит сноуборд и карту Великого Ледника, и добирается до него, спускаясь с откоса.

Они достигают огромной горы Гэа, которую насквозь пронизывает ветер. Старик по имени Холзофф предлагает им укрытие и дает несколько советов перед тем, как они будут карабкаться по ней. На вершине горы они наконец-то видят Северный Кратер. Они продолжают двигаться к Лабиринту Вихрей, где происходит Воссоединение – все клоны Сефироса возвращаются к нему, а он их уничтожает.

Руфус, Скарлет и Ходжо появляются на «Урагане», воздушном корабле Шинры. Они выясняют места покоя Оружия, стражей планеты. В это время Клауд, Тифа и остальные находят Дженову-Сефироса, укравшего Черную материю, и после схватки отнимают ее у него. Тем не менее, Клауд боится, что Дженова\Сефирос снова может взять его под свой контроль, и отдает Материю одному из членов своей команды, пока он будет идти дальше. Однако Сефиросу удается провести героев, сделав так, будто они идут за настоящим Клаудом к центру кратера.

Клауда посещает видение Сефироса, пытающегося сбить его с толку; на самом деле, он просто говорит ему правду: то, что он *не был* в рядах СОЛДАТа во время похода в Нибельхейм. Сознание Клауда начинает буквально трескаться и рассыпаться на кусочки. Тут появляются остальные члены его команды и отдают ему Черную Материю. Клауд не может сопротивляться контролю Сефироса и бросает Черную Материю в кристалл энергии Мако, где находиться настоящее тело Сефироса.

Сефирос немедленно призывает заклинание Метеора. Оставшиеся члены команды Клауда и представители Шинры быстро улетают на «Урагане». И просыпаются пять Оружий. Сефирос устанавливает энергетический барьер вокруг Северного Кратера, не давая ни единой возможности войти внутрь.

Тифа и Баррет арестованы и привезены во Внутренний Джунон, где Шинра планирует их публично казнить, обвинив в появлении на горизонте гигантского метеора. Юффи пробирается в Джунон, маскируясь под репортера, Кэйт Сит – под представителя Шинры, а Сид и остальные пытаются украсть «Ураган». Кэйт Сит помогает Баррету сбежать, но они опаздывают на помощь Тифе, находящейся в газовой камере. Однако, перед началом казни, одно из Оружий нападает на Джунон. В действие приводится гигантская пушка и уничтожает Оружие прежде, чем оно может нанести большие разрушения. Это событие также разрушает замки в газовой камере, позволяя Тифе выбраться наружу.

Кэйт Сит торопит Баррета к «Урагану». Тифе пытается спастись от Скарлет и ее приспешников из Шинры, убегая до самого конца пушки Джунон, где ей все же приходиться вступить в бой, состоящий из шлепков. Тем не менее, перед тем, как Скарлет приказывает солдатам расстрелять Тифу, Сид и Баррет спасают ее, сбрасывая веревку с «Урагана».

Тифа возглавляет поиски Клауда; они находят его в городе Мидил, страдающего от чрезмерного отравления энергией Мако. Тифа решает остаться с ним, и Сид берет руководство командой на себя. Кэйт Сит приносит новости о новом плане Шинры по созданию новой пушки, которая будет использовать Огромную Материю как оружие. Сид решает остановить производство этого оружия любой ценой.

Первый из четырех грузов Огромной Материи находится у реактора в Северном Кореле. Сид направляется туда вместе с командой; они похищают поезд, который везет груз, и успевают остановить его, чуть не врезавшись в город (собственно, совсем необязательно останавливать поезд, чтобы продолжить игру).

Второй груз находится на вершине Форта Кондор, где люди (которые пытаются защитить кондора на вершине Форта) ведут войну против отрядов Шинры, пытающихся захватить Форт. Сид помогает им и спасает кондора и Огромную Материю. Однако, большой кондор на вершине Форта умирает, оставляя яйцо, из которого вылупляется птенец.

Сид начинает беспокоиться о Клауде и возвращается в Мидил, на который внезапно нападает Абсолютное Оружие (Ultima Weapon)! Город разламывается пополам, и Клауд вместе с Тифой падают в Лайфстрим. Здесь они стараются выяснить всю правду о прошлом, чего и добиваются. Клауд вспоминает про себя, и им удается выбраться из Потока Жизни.

Шинра перевозит огромную пушку из Джунона в Мидгар, устанавливая ее для новой цели – разрушить барьер вокруг Северного Кратера.

Клауд снова становится лидером команды и направляется к третьему грузу Огромной Материи. Они отправляются в Подводный Реактор в Джуноне. Их останавливает Рено и натравляет на них механического погрузчика, от которого они успешно отбиваются. Герои похищают подводную лодку и подбивают другую, ту, что несет на себе Огромоную Материю, которую они подбирают затем из-под обломков лодки. Вслед за этим они получают сообщение о том, что им нужно вернуться в Джунон (Шинра думает, что лодка управляется их работниками).

Четвертый и последний груз Огромной Материи перевозится на военном транспортном самолете Гелнике, Шинры, в Ракетный Городок. Его намереваются запустить в космос, вместе с Бомбой из Материи, чтобы взорвать метеор. Сид и Клауд отправляются туда и побеждают Руда (который сторожит ракету). Однако, они не дают никаких предупредительных сигналов перед тем, как ракета взлетает (вместе с Шерой на борту в качестве техника). Им удается достать Огромную Материю и взять ее с собой. Однако ракета направляется прямо на Метеор и, перед тем, как они достигают спасательной шлюпки, взрывается энергореактор и обрушивается на Сида. Его спасает Шера при помощи двух других членов команды, после этого он перед ней извиняется. Он понимает, что взорвавшийся реактор и есть тот самый реактор, о котором говорила Шера перед первым запуском ракеты. Им удается повернуть спасательную шлюпку обратно на Землю. Бомба достигает Метеора и взрывается, разрушая его немного, но не сбивает его с курса (немного сбивает, но он продолжает выравнивать курс его при помощи магических сил).

Герои возвращаются к Бугенхагену в Каньон Космо. Он говорит им, что присмотрит за Огромной Материей, и напоминает, что Айрис, возможно, является ключом для уничтожения Сефироса. Они возвращаются в Забытую Столицу, где Бугенхаген находит упоминание о ключе, спрятанном в глубинах планеты. Клауд находит ключ, используя подводную лодку Шинры и обыскивая дно океана, и возвращает его обратно в Забытую Столицу. Ключ активирует экран, который показывает им Белую Материю, напоминая, что Великое Святое заклинание было вызвано, но остановлено Сефиросом.

Кэйт Сит (т.е. Рив) узнает, что Сестра Рэй, огромная пушка из Джунона, готова к выстрелу, но незадолго до их прибытия в Мидгар, появляется Алмазное Оружие и направляется к городу! Клауд сражается с ним, но не может его уничтожить. Сестра Рэй стреляет по барьеру Сефироса, уничтожая его и Оружие, но перед этим Оружие контратакует, уничтожая Штаб Шинры и погребая Руфуса под обломками.

Рив узнает, что Ходжо снова собирается зарядить Сестру Рэй, на этот раз на полную, намереваясь направить заряд на самого Сефироса, находящегося в Северном Кратере. Клауд вместе с командой спускаются в Мидгар на парашютах, собираясь остановить Ходжо. Но их задерживают Елена, Руд и Рено, происходит битва, но Туркам удается убежать (бой можно предотвратить). После этого их атакует огромный монстр, управляемый Скарлет и Хайдеггером, которым тоже не удается остановить героев. В конце концов, они находят Ходжо, который начинает подвергаться различным мутациям (используя инъекции клетками Дженовы) перед тем как окончательно сдаться под атаками Клауда. Здесь же Ходжо говорит, что Сефирос его сын и поэтому он хочет помочь ему...

Клауд и команда наконец-то добираются до Северного Кратера и спускаются в него, уничтожая Дженову и Сефироса. Метеор продолжает падать на Мидгар, но его останавливает Великое Святое заклинание. Однако жестокая битва двух заклинаний вызывает еще большие разрушения – Мидгар полностью разрушается. Чтобы спасти себя, планета извергает из себя Лайфсртим и накрывает конфликт заклинаний своей энергией, разгоняя его раз и навсегда.

А дальше идёт наш собственный сюжет.))То,что случилось дальше,после описанного ранее.